脑袋跟针扎一样痛可能是头皮损伤、头皮炎症，或者感染疖肿所引起，应检查头皮的情况，如果患者有神经痛，也可以出现这种情况，多数为原发性，确切的病因不明确，可能是由于脱髓鞘改变而导致，常见的疾病有三叉神经痛、枕大神经痛和颞神经痛，不同神经痛时头痛的部位不同，一般持续时间比较短，为数秒钟至数分钟不等，可以突然停止，也可以反复发作，主要是进行对症治疗。
如果患者有颅内器质性病变，比如颅内占位性病变可能会刺激神经，患者也可以出现上述症状，症状多数为持续性，必要时检查颅脑核磁明确诊断。
患者如果精神过度紧张、压力过大，也可以出现这种情况，主要是放松心情和减轻压力。也可见于原发性头痛，比如丛集性头痛的患者也可以出现这种情况，确切的病因不明确，主要是进行对症治疗。