减肥药通常是有副作用的。比如常见的奥利司他，可能会引起胃肠道不适，约有50%左右的人会出现油性斑点、胃肠排气增多、大便紧急感、脂肪（油）性大便、脂肪泻、大便次数增多和大便失禁等症状。
胃肠道方面的副作用
胃肠不适表现： 像奥利司他这类减肥药，不少人服用后会出现腹部不适，比如腹痛、腹胀等情况。还有可能引发恶心、呕吐等症状，影响正常的消化功能。另外，有的减肥药会导致腹泻，频繁腹泻可能会引起脱水等问题，需要及时补充水分。
对代谢系统的影响
影响营养吸收： 一些减肥药会干扰人体对营养物质的正常吸收。例如，有的药物会影响脂肪的消化吸收，长期使用可能会造成脂溶性维生素（如维生素A、D、E、K）缺乏，出现相应的缺乏症状，像皮肤干燥、夜盲症（维生素A缺乏）等情况。而且，还可能对血糖、血脂代谢产生一定影响，虽然一般是在特定人群中较为明显，但也需要关注。
对神经系统的副作用
中枢神经相关影响： 某些减肥药可能会作用于中枢神经系统，引起头痛、头晕等症状。还有少数人可能会出现失眠的情况，影响睡眠质量，进而对日常生活和身体状态产生不良影响。另外，个别人可能会有焦虑、烦躁等情绪方面的改变，不过相对来说这类情况出现的比例可能较低，但也不能忽视。