多囊肝多囊肾患者的存活时间差异较大，多数患者如果没有严重并发症，可存活数十年，甚至不影响自然寿命，但也有部分患者因出现严重并发症如肾功能衰竭等，存活时间会明显缩短。
疾病的进展情况
病情发展快慢不一： 有些多囊肝多囊肾患者病情进展缓慢，可能在几十年内都没有明显的症状。而有的患者病情进展相对较快，可能在较短时间内出现肾脏功能的明显减退等情况。受遗传因素影响： 多囊肝多囊肾多为遗传性疾病，遗传方式不同可能影响病情进展速度。比如常染色体显性遗传的多囊肾，病情进展速度有个体差异，但总体来说遗传因素决定了疾病有发生发展的可能性。
并发症对寿命的影响
肾功能衰竭： 当多囊肾不断发展，肾脏的正常结构被破坏，肾功能逐渐下降，最终发展为肾功能衰竭。一旦进入终末期肾功能衰竭，患者需要依靠透析或者肾移植来维持生命，这会大大影响存活时间，不进行有效治疗的话，存活时间会明显缩短。据统计，很多多囊肾发展到终末期肾病的患者，生存时间会显著减少。肝脏并发症： 多囊肝如果囊肿过大可能压迫肝脏组织，影响肝脏功能，虽然肝脏功能受损相对肾脏来说对生命的直接威胁稍小，但严重的肝脏并发症也会影响患者的生活质量和存活时间，比如囊肿破裂出血等情况。
日常管理对预后的作用
饮食方面： 要注意低盐饮食，每天盐的摄入量应控制在3 - 5克左右，避免加重肾脏的负担。同时要优质低蛋白饮食，根据肾功能情况合理摄入蛋白质，如鸡蛋、牛奶等优质蛋白可适当多吃，减少植物蛋白的摄入。生活方式： 要避免剧烈运动，防止囊肿破裂等情况发生。要定期复查，监测肾功能、肝脏功能以及囊肿的大小等情况，一般建议每3 - 6个月复查一次尿常规、肾功能、肾脏和肝脏的超声等检查，以便及时发现病情变化并采取相应的治疗措施。