根管治疗第二次封药后很疼可能是由以下原因引起的：
1.药物刺激：根管治疗中使用的药物可能会对根尖周组织产生刺激，导致疼痛。这种疼痛通常在封药后的短期内出现，可能会持续几天，但一般会逐渐减轻。
2.根尖周炎进展：如果根管治疗不彻底，或者在治疗过程中发生了感染的扩散，可能会导致根尖周炎的进展，从而引起疼痛。
3.个体差异：每个人对疼痛的感受和耐受性不同，有些人可能对根管治疗中的药物或操作更为敏感，导致疼痛更明显。
4.其他因素：如根管治疗后牙齿受到外力撞击、牙齿本身存在其他病变等，也可能引起疼痛。
如果根管治疗第二次封药后疼痛严重或持续时间较长，建议采取以下措施：
1.观察疼痛情况：注意疼痛的程度、性质和持续时间，以及是否伴有其他症状，如肿胀、发热等。
2.避免刺激：避免用患侧咀嚼食物，避免食用辛辣、刺激性食物，以及过热或过冷的饮料。
3.口服药物：可以在医生的建议下口服止痛药，如布洛芬等，以缓解疼痛。
4.联系医生：如果疼痛持续不缓解或加重，或出现其他异常症状，应及时联系医生，进行进一步的检查和治疗。
需要注意的是，每个人的情况可能不同，如果对根管治疗后的疼痛有任何疑问或担忧，应及时与医生沟通，以便获得更专业的建议和处理。同时，在根管治疗后，要按照医生的要求进行后续的治疗和护理，保持口腔卫生，促进愈合。