九价疫苗常见的副作用一般比较轻微，多数人在接种后24小时内会有反应。比如接种部位可能出现疼痛、红肿、瘙痒，一般1-3天可自行缓解。
局部副作用表现
接种部位疼痛： 接种九价疫苗后，约有一定比例的人会感到接种部位疼痛，这种疼痛通常较轻，一般不需要特殊处理，1-2天会逐渐消失。接种部位红肿： 部分人接种后接种部位会出现红肿，红肿范围一般比较局限，直径通常在几厘米内，一般也会在数天内消退。
全身副作用表现
乏力： 少数人接种后会感觉浑身乏力，这种乏力感一般不会影响正常的日常生活和工作，通常1-2天可恢复。低热： 个别人接种后可能出现低热，体温一般在37.1℃-38℃之间，持续时间较短，大多1-2天就会自行消退。
特殊人群的副作用情况
妊娠期女性： 妊娠期女性不建议接种九价疫苗，因为目前缺乏足够的妊娠期女性接种九价疫苗的安全性数据，接种后可能对胎儿产生潜在影响。过敏体质者： 对九价疫苗成分过敏的人接种后可能出现较严重的副作用，如过敏反应，表现为皮疹、呼吸困难等，这类人群接种前需如实告知医生自己的过敏史。