冠状病毒的感染源较为复杂，部分冠状病毒来源于动物，例如蝙蝠等野生动物可能携带多种冠状病毒，这些病毒有可能在一定条件下传播给人类；同时，也存在人类之间传播的情况，当感染者与他人密切接触等时，病毒可在人与人之间进行传播。
动物源性冠状病毒
许多研究发现蝙蝠是多种冠状病毒的自然宿主，蝙蝠体内携带的冠状病毒种类繁多，其与人类冠状病毒有一定的基因相似性，提示蝙蝠有可能将病毒传给其他动物进而传染给人类。例如一些新型冠状病毒的溯源研究显示其与蝙蝠中的相关病毒存在亲缘关系。
人际传播的冠状病毒
当感染了冠状病毒的患者与他人近距离接触时，如面对面交谈、共同生活等，含有病毒的飞沫可通过空气传播，被他人吸入后就可能导致感染。另外，接触被病毒污染的物体表面后，再触摸口鼻等黏膜部位，也可能引发感染。
对于有接触动物史的人群，应尽量避免密切接触野生动物，减少感染动物源性冠状病毒的风险；对于普通人群，在疫情期间应注意保持社交距离，佩戴口罩，勤洗手等，降低人际传播冠状病毒的可能性，尤其是老人、儿童等免疫力相对较弱的人群更需加强防护，因为他们感染后出现重症的风险相对较高。