百令胶囊通常副作用较少，多数人用药后耐受性良好，但仍有少数人可能出现一些情况。
胃肠道方面可能的反应
部分人服用后可能出现胃肠道不适，如轻度的胃部胀满感，这可能与药物对胃肠道的刺激有关，一般症状较轻，不影响继续用药。
神经系统可能的影响
少数人可能出现头晕等神经系统症状，可能是个体对药物的敏感性差异导致，通常程度较轻，一般不影响日常生活。
过敏反应情况
个别人可能对百令胶囊中的成分过敏，出现皮疹、瘙痒等过敏表现，此时应立即停药并就医。
特殊人群需注意
孕妇及哺乳期女性使用时需谨慎，因为目前关于其在特殊人群中的安全性研究有限，应在医生评估利弊后再决定是否使用；儿童使用该药物也需格外谨慎，因为儿童身体机能发育尚未完全成熟，药物代谢等与成人有差异，需在医生指导下权衡风险与收益后使用。