咽喉肿痛通常由多种原因引起，如感染、局部刺激等。
一、病毒感染
病毒感染是引发咽喉肿痛常见原因之一，像普通感冒病毒等可侵袭咽喉部位，导致咽喉黏膜充血、肿胀，进而引发疼痛，这种情况在季节交替时较为多见，尤其在儿童群体中因免疫力相对较弱更易受病毒感染影响出现咽喉肿痛。
二、细菌感染
细菌感染也会造成咽喉肿痛，例如A组链球菌感染，会引起急性扁桃体炎等，使得咽喉局部出现炎症反应，表现为明显的肿痛，且可能伴有发热等症状，成年人和儿童都可能发生，不过儿童免疫系统发育尚不完善，若感染未及时控制可能影响健康。
三、局部刺激
长期吸烟、过度用嗓、吸入有害气体等局部刺激因素也会导致咽喉肿痛。长期吸烟的人，烟草中的有害物质会不断刺激咽喉黏膜，使咽喉黏膜处于受损状态，容易引发肿痛；过度用嗓的人群，如教师等，咽喉部位频繁活动，容易造成黏膜损伤，从而出现肿痛情况。
四、过敏反应
过敏体质者接触过敏原后可能出现咽喉肿痛，比如接触花粉、尘螨等过敏原时，咽喉部发生过敏反应，出现水肿、充血，引发疼痛，这种情况在过敏季节或接触特定过敏原环境中较易发生，不同年龄人群中过敏体质者均有可能出现，需要避免接触过敏原以减轻症状。