复方氯己定漱口液如果使用不当可能会带来一些危害。一般来说，长期或不恰当使用复方氯己定漱口液可能影响口腔菌群平衡。
可能导致口腔菌群失调
破坏有益菌：复方氯己定漱口液中的成分会抑制口腔内的一些有益菌生长，比如正常口腔内存在的一些能维持口腔微生态平衡的细菌。长期使用可能让有益菌数量大幅减少，使得口腔内菌群平衡被打破，增加口腔感染其他病菌的风险。引发真菌滋生：当口腔内有益菌被抑制后，就容易给白色念珠菌等真菌可乘之机，导致真菌在口腔内滋生，引发口腔真菌感染，出现口腔黏膜发白、疼痛等不适症状。
可能引起味觉改变
影响味觉感知：部分人使用复方氯己定漱口液后会出现味觉改变的情况。有研究发现，连续使用一段时间后，可能会让人觉得食物的味道发生了变化，比如感觉吃什么都没原来的味道，影响正常的饮食体验。一般停用后，这种味觉改变可能会逐渐恢复，但恢复时间因人而异，有的可能需要几周时间。
可能对牙齿和黏膜有刺激
刺激口腔黏膜：对于口腔黏膜比较敏感的人，使用复方氯己定漱口液可能会刺激口腔黏膜，引起口腔黏膜的烧灼感、刺痛感等不适。尤其是本身有口腔溃疡、牙龈损伤等情况时，刺激可能会更明显，导致疼痛加剧，不利于黏膜的修复。使牙齿染色：长期使用复方氯己定漱口液还可能导致牙齿染色。因为其成分可能会在牙齿表面沉积，使牙齿颜色逐渐变黄、变深等，影响牙齿美观。不过这种染色一般在停用后通过正确的口腔清洁等措施有可能慢慢减轻，但完全恢复可能比较困难。