怀疑肝门胆管癌患者诊断和分期检查的选择需综合多种方式。对于肝门胆管癌的诊断，首先常用影像学检查中的超声检查，它可初步观察肝脏、胆道等部位情况，能发现胆道有无扩张等异常，但超声对肝门部病变的显示有时会受气体等干扰。而增强CT检查是重要的诊断手段，能清晰显示肝门区肿瘤的大小、形态、与周围血管的关系等，一般能提供较详细的解剖信息，帮助医生判断肿瘤范围。
影像学检查方面
超声检查： 是初步筛查的常用方法，可作为首选的初步检查手段，价格相对较低，操作方便，但对于一些细微病变的显示可能不够精准。增强CT： 能更清晰地呈现肿瘤与周围组织血管的关系，有助于判断肿瘤能否进行手术切除等，一般检查时间较短，多数患者可耐受。
实验室检查方面
肿瘤标志物检测： CA19 - 9是肝门胆管癌较常用的肿瘤标志物，约70% - 80%的患者血清CA19 - 9水平会升高，但它不是特异性的，一些胆道良性疾病等也可能导致其轻度升高，所以需要结合临床等综合判断。肝功能检查： 可了解患者肝脏的功能状态，比如胆红素水平等，肝门胆管癌患者常伴有胆红素升高，提示胆道梗阻情况，通过肝功能检查能评估肝脏受损及黄疸程度等。
病理学检查方面
内镜下逆行胰胆管造影（ERCP）： 可直接观察胆管病变，并可取组织进行病理活检，能明确病变的性质，但属于有创检查，可能会有一些并发症风险，如胰腺炎等。经皮肝穿刺胆道造影（PTC）： 也能获取胆道内病变组织进行病理诊断，对于梗阻部位较高的肝门胆管癌诊断有帮助，同样是有创操作，需注意出血等并发症的发生。