囊肿痤疮是较为严重的痤疮类型，治疗方法有多种。一般来说，可通过外用药物、口服药物以及物理治疗等方式来改善。
外用药物治疗
维A酸类药物： 像阿达帕林凝胶就属于维A酸类，它能调节表皮角质形成细胞的分化，改善毛囊皮脂腺导管角化，溶解微粉刺和粉刺，还具有抗炎作用。通常每晚睡前使用一次，但刚开始使用时可能会有轻度刺激反应，如局部红斑、脱屑，可从低浓度开始使用逐渐建立耐受。过氧苯甲酰： 具有杀灭痤疮丙酸杆菌、抗炎的作用，还能轻度剥脱角质。可配制成不同浓度的洗剂、乳剂或凝胶，少数人使用后皮肤会有轻度刺激感，皮肤敏感者要慎用。
口服药物治疗
抗生素： 比如四环素类的米诺环素，它能抑制痤疮丙酸杆菌的生长繁殖，还有抗炎作用，可用于炎症较明显的囊肿痤疮，但要注意长期使用可能会产生耐药性，而且孕妇、8岁以下儿童禁用。异维A酸： 适用于结节囊肿型痤疮、外用药物和抗生素治疗无效的痤疮等情况。它可以减少皮脂腺分泌，抑制痤疮丙酸杆菌生长，还能调节毛囊皮脂腺导管角化。不过，异维A酸有致畸性，育龄期男女服药期间及停药后3个月内必须严格避孕，且可能会引起皮肤干燥、唇炎等不良反应。
物理治疗
光动力治疗： 是使用特定波长的光照射皮肤，产生单线态氧，破坏痤疮丙酸杆菌，减轻炎症反应。治疗时需要先外用光敏剂，然后再进行光照，一般需要多次治疗，费用相对较高，但对囊肿痤疮有较好的疗效。红蓝光治疗： 蓝光可以杀灭痤疮丙酸杆菌，红光可以刺激胶原蛋白产生，改善炎症后红斑和瘢痕。红蓝光治疗相对安全，副作用少，一般每周治疗2 - 3次，一个疗程通常需要10 - 15次左右。