甲状腺功能减退症主要通过药物替代治疗，常用药物为左甲状腺素钠。
一、原发性甲状腺功能减退症治疗
原发性甲状腺功能减退症需长期服用左甲状腺素钠补充甲状腺激素，使甲状腺功能维持在正常范围，一般需根据甲状腺功能指标调整药物剂量。
二、继发性甲状腺功能减退症治疗
继发性甲状腺功能减退症除补充甲状腺激素外，还需针对下丘脑 - 垂体原发病因进行相应处理，如因垂体肿瘤等引起的，可能需要进一步评估肿瘤情况并采取相应治疗措施。
三、妊娠期甲状腺功能减退症治疗
妊娠期甲状腺功能减退症需要密切监测甲状腺功能，适当增加左甲状腺素钠剂量，以满足胎儿正常发育对甲状腺激素的需求，因为甲状腺激素对胎儿神经系统发育至关重要。
四、老年甲状腺功能减退症治疗
老年甲状腺功能减退症患者用药时要谨慎，起始剂量宜小，之后缓慢增加剂量，并密切监测心脏功能等，因为老年人各器官功能减退，对药物的耐受性和反应可能与年轻人不同。