一、月经紊乱风险
紧急避孕药的主要成分是高剂量的孕激素，连续两天服用会对体内激素水平产生较大冲击。正常的内分泌平衡被打乱后，月经周期可能会发生改变，比如出现月经提前、推迟、经量异常等情况。研究表明，频繁使用紧急避孕药的女性，月经紊乱的发生率明显高于偶尔使用的人群。对于不同年龄的女性，青春期女性的内分泌系统尚不稳定，连续服用紧急避孕药更容易导致月经紊乱；育龄期女性也可能出现月经周期的波动；围绝经期女性本身内分泌处于波动阶段，连续服用紧急避孕药会进一步加重月经紊乱的程度。
二、胃肠道反应加重
紧急避孕药可能会引起胃肠道不适，如恶心、呕吐、腹痛等症状。连续两天服用会使胃肠道受到的药物刺激增强，从而导致胃肠道反应加重。不同生活方式的人群受影响程度可能不同，比如经常熬夜、作息不规律的人，本身胃肠道功能可能相对较弱，连续服用紧急避孕药后胃肠道反应会更明显；而生活方式较为健康、胃肠道功能良好的人，相对来说胃肠道反应可能没有那么严重，但也会比偶尔服用时更重。有胃肠道病史的人群，如患有胃溃疡、胃炎等疾病的人，连续服用紧急避孕药可能会诱发或加重原有病情。
三、避孕失败风险
紧急避孕药的避孕有效率并不是100%，而且连续两天服用并不能提高其避孕效果，反而可能因为激素水平的异常波动影响避孕机制。同时，连续服用可能会干扰正常的排卵等生理过程，但并不能保证一定能避孕成功，所以存在避孕失败的风险。对于有性生活且希望避孕的女性，无论年龄、性别，连续服用紧急避孕药都不能替代常规有效的避孕方法，如避孕套、长期避孕药等。如果避孕失败，可能需要面临意外妊娠的情况，这对不同年龄的女性都会带来不同程度的身心影响，比如年轻女性可能会因为意外妊娠而面临是否终止妊娠的艰难抉择，对身体和心理都有较大伤害；育龄期女性如果意外妊娠，处理起来也会比较复杂；围绝经期女性意外妊娠的话，对身体的影响更大。
四、肝肾功能负担增加
药物需要经过肝肾进行代谢，连续两天服用紧急避孕药会使肝肾的代谢负担加重。对于不同年龄的人群，肝肾功能的储备不同，青少年的肝肾功能还在发育阶段，连续服用紧急避孕药可能会影响其肝肾功能的正常发育；成年人如果本身肝肾功能存在潜在问题，连续服用紧急避孕药可能会导致肝肾功能损伤加重；老年人肝肾功能逐渐衰退，连续服用紧急避孕药更容易引起肝肾功能的异常。有肝肾功能疾病病史的人群，连续服用紧急避孕药会使病情恶化的风险大大增加。
五、对生殖健康的长期影响
长期连续服用紧急避孕药可能会对生殖健康产生长期影响。从女性生殖健康角度来看，会影响卵巢的正常功能，可能导致卵巢排卵异常、卵子质量下降等问题。对于未来的生育可能会产生不良影响，比如增加不孕不育的风险等。不同性别方面，虽然紧急避孕药主要是针对女性设计，但从广义的生殖健康角度，男性如果其伴侣连续服用紧急避孕药导致女性生殖健康出现问题，也会间接影响到整个生殖相关的状况。对于有生育计划的夫妻，女性连续两天服用紧急避孕药后，需要经过一段时间让内分泌恢复正常后再考虑备孕，否则可能会影响胚胎的正常发育等。