睡醒起来后头疼，可能与以下原因有关。
1.睡眠呼吸暂停综合征
睡眠呼吸暂停综合征是一种在睡眠中反复发生呼吸暂停和低通气的疾病，可导致间歇性低氧、二氧化碳潴留和睡眠结构紊乱，进而引起睡醒后头疼。
2.高血压
血压升高时，可出现头痛、头胀、眩晕、耳鸣、鼻出血、颈项发紧、乏力、心悸、视物模糊等症状。
3.颈椎病
颈椎间盘突出、骨质增生等颈椎病可压迫椎动脉或刺激交感神经，引起椎动脉供血不足或交感神经兴奋，从而出现头痛、头晕、恶心、呕吐等症状。当头颈部长时间保持同一姿势或睡眠时枕头过高、过低时，可加重颈椎病，导致睡醒后头疼。
4.青光眼
眼压升高可导致头痛，疼痛剧烈，多为偏头痛或眼眶周围疼痛，还可伴有恶心、呕吐、视力下降等症状。青光眼常发生于中老年人，女性多于男性。
5.丛集性头痛
丛集性头痛是一种原发性神经血管性头痛，多在夜间或凌晨发作，呈一侧眼眶周围剧烈疼痛，伴有同侧眼结膜充血、流泪、鼻塞、流涕等症状。
6.其他
睡醒后头疼还可能与感冒、发热、贫血、低血糖、心律失常、心力衰竭、肺炎、脑炎、脑膜炎等疾病有关。
如果睡醒后头疼持续不缓解或伴有其他症状，建议及时就医，明确病因，进行针对性治疗。同时，日常生活中应注意保持良好的睡眠习惯，避免熬夜、过度劳累，枕头高度适中，避免长时间低头或仰头，适当进行颈部活动和锻炼。