双胞胎的DNA并不完全一样，同卵双胞胎的DNA相似度极高，但也存在极小差异；而异卵双胞胎的DNA相似度则和普通兄弟姐妹差不多。
同卵双胞胎的DNA情况
同卵双胞胎是由一个受精卵分裂而成的。在受精卵第一次分裂形成两个细胞后，这两个细胞各自发育成一个胚胎。一般来说，同卵双胞胎的DNA有超过99%的相似性。不过，在细胞分裂过程中可能会发生基因突变，这就导致他们的DNA存在极少量的差异。比如在一些表观遗传修饰方面可能会有不同，虽然遗传物质的碱基序列大部分相同，但基因的表达调控等可能因细微差异而产生不一样的表现。
异卵双胞胎的DNA情况
异卵双胞胎是由两个不同的受精卵发育而来的。就像普通的兄弟姐妹一样，他们各自携带父母一半的遗传物质，所以他们的DNA相似度和普通兄弟姐妹一样，大约在50%左右相同。异卵双胞胎的性别可能相同也可能不同，他们的DNA来自不同的精子和卵子组合，所以差异会相对大一些，比如血型等可能不同，这也是因为DNA不同导致的性状表现差异。
影响双胞胎DNA差异的因素
发育过程中的突变
无论是同卵还是异卵双胞胎，在胚胎发育过程中都可能发生基因突变。同卵双胞胎在分裂过程中如果发生突变，会导致两人DNA出现差异；而异卵双胞胎本身就是不同受精卵发育，在各自发育过程中也可能有不同的突变情况。例如在细胞分裂时DNA复制出错等情况，都可能引起DNA序列的改变。
表观遗传因素
表观遗传修饰也会让双胞胎的DNA表现不同。表观遗传是指不改变DNA序列，但影响基因表达的机制，像DNA甲基化等。同卵双胞胎可能因为生活环境、营养等因素的不同，导致甲基化程度不同，从而使基因表达有差异；异卵双胞胎本身DNA就有差异，再加上表观遗传的不同，会让他们在性状表现等方面差异更明显。