蜂蜜加醋并没有被科学证实有特定的、广泛认可的治疗功效。但从一些方面来说，比如在调节肠道方面，有观点认为适量饮用蜂蜜加醋可能在一定程度上促进肠道蠕动，但这种效果非常有限，且没有确切的科学数据支撑其能达到类似药物般的明确功效。
对消化系统的影响
促进消化的说法：有人觉得蜂蜜加醋能刺激胃酸分泌，帮助消化。不过正常情况下，人体胃酸分泌有自身的调节机制，过量饮用蜂蜜加醋可能会打破这种平衡，导致胃酸过多，引起胃部不适，比如烧心、反酸等症状。一般不建议依赖蜂蜜加醋来促进消化，还是通过保持规律的饮食习惯更靠谱。对肠道菌群的作用：并没有科学依据表明蜂蜜加醋能特定地调节肠道菌群。肠道菌群的平衡是一个复杂的过程，需要依靠均衡的饮食、健康的生活方式等来维持，不能寄希望于蜂蜜加醋来起到关键的调节作用。
对皮肤的影响
改善皮肤的传言：有说法称蜂蜜加醋外用或内服能改善皮肤状况。但从科学角度看，皮肤问题的改善需要从多方面综合调理，比如充足的睡眠、合理的饮食营养等。单纯依靠蜂蜜加醋很难达到显著改善皮肤的效果，而且如果是敏感肌肤，还可能因为蜂蜜或醋的刺激而引发过敏反应，出现皮肤红肿、瘙痒等问题。外用的风险：如果尝试用蜂蜜加醋外用，由于其浓度等难以精准控制，很容易对皮肤造成刺激，尤其是面部皮肤比较娇嫩，风险更大，不建议随意尝试这种所谓的“美容偏方”。
其他方面的争议
调节血糖的误解：没有科学证据表明蜂蜜加醋能有效调节血糖。对于糖尿病患者等需要严格控制血糖的人群，不能把蜂蜜加醋当作调节血糖的手段，还是要遵循正规的医疗治疗方案，依靠降糖药物、饮食控制和运动等来控制血糖。增强免疫力的无依据：不存在科学论证能说明蜂蜜加醋可以增强免疫力。人体免疫力的维持是一个系统的过程，需要通过均衡饮食、适量运动、充足休息等多方面来提升，不能依赖蜂蜜加醋来达到增强免疫力的目的。