引发甲减的原因有多种，其中自身免疫性疾病是常见因素之一，比如自身免疫性甲状腺炎，约占全部甲减病因的90%左右。
自身免疫性因素
自身免疫性甲状腺炎： 像慢性淋巴细胞性甲状腺炎（桥本病），患者体内会产生攻击甲状腺的自身抗体，逐渐破坏甲状腺组织，影响甲状腺激素的合成和分泌，从而引发甲减。这种情况在女性中的发生率相对较高。其他自身免疫病关联： 一些其他自身免疫性疾病，如1型糖尿病、系统性红斑狼疮等，也可能与甲减的发生存在关联，因为自身免疫紊乱可能波及甲状腺。
甲状腺手术因素
甲状腺切除手术： 如果因为甲状腺结节、甲亢等疾病进行了甲状腺大部分或全部切除手术，那么剩余的甲状腺组织可能无法产生足够的甲状腺激素，一般术后1-2年内甲减的发生风险较高。例如，因甲状腺癌进行甲状腺全切术后，约有90%的患者在术后几年内会发展为甲减。放射性碘治疗后： 对于甲亢患者采用放射性碘治疗，放射性碘会破坏甲状腺细胞，随着时间推移，甲状腺功能逐渐减退，通常在治疗后6-18个月左右可能出现甲减，有研究显示约50%的甲亢患者在放射性碘治疗后10年内会发生甲减。
药物及放射因素
药物影响： 一些药物可能导致甲减，比如胺碘酮，它含有碘元素，长期服用可能干扰甲状腺激素的代谢，约有5%-20%服用胺碘酮的患者会出现甲减。还有锂剂等药物，也可能影响甲状腺功能引发甲减。放射性损伤： 头部或颈部接受过放射性治疗，如用于治疗恶性肿瘤的放射性照射，可能损伤甲状腺组织，导致甲状腺功能减退，这种损伤可能在照射后数月至数年逐渐显现。