小儿尿路感染主要是由细菌感染引起的，其中最常见的致病菌是大肠埃希菌，约占80%~90%。
解剖结构因素
女童尿道特点： 女童的尿道较短，长度仅1~2厘米，而且尿道外口靠近肛门，更容易受到粪便中细菌的污染。据统计，女童发生尿路感染的概率比男童高很多。男童特殊情况： 男童可能存在包皮过长、包茎等情况，包皮下容易积聚污垢，从而增加细菌滋生的机会，引发尿路感染。
机体抵抗力低
婴幼儿免疫系统不完善： 婴幼儿的免疫系统尚未完全发育成熟，抵抗力相对较弱，对细菌的抵御能力较差，容易受到细菌侵袭导致尿路感染。比如6个月以内的婴儿，自身的免疫防护功能还比较弱，更容易发生尿路感染。营养不良影响： 如果小儿存在营养不良的情况，比如蛋白质、维生素等摄入不足，会进一步削弱机体的抵抗力，使尿路感染的发生风险增加。
尿路梗阻因素
先天尿路畸形： 有些小儿出生时就存在尿路畸形，如肾盂输尿管连接处狭窄、尿道瓣膜等，这会导致尿液排出不畅，尿液在尿路中潴留，为细菌的生长繁殖提供了有利条件，容易引发尿路感染。例如肾盂输尿管连接处狭窄的患儿，尿液排出受阻，容易反复发生尿路感染。结石或肿瘤压迫： 小儿尿路结石、肿瘤等也可能引起尿路梗阻，导致尿液引流不畅，进而引发尿路感染。不过这种情况相对先天畸形来说发生率较低，但一旦出现也会增加尿路感染的发生几率。