千百氢醌软膏主要用于治疗黄褐斑等色素沉着性皮肤病，但也存在一些危害。一般来说，长期或不规范使用千百氢醌软膏可能带来不良影响。
皮肤方面的潜在危害
局部刺激： 部分人使用后可能出现皮肤刺激症状，如局部有烧灼感，表现为涂抹部位有明显的刺痛感，就像皮肤被轻微灼烧一样。还可能出现红斑，涂抹区域皮肤发红，严重时可能伴有肿胀。过敏反应： 个别人群会对氢醌过敏，出现瘙痒症状，皮肤会不自觉地发痒，搔抓后可能加重皮肤损伤。严重过敏时还可能出现皮疹，皮肤上出现大小不等、形态各异的红色疹子。
系统层面的潜在风险
吸收后可能的影响： 虽然氢醌经皮肤吸收量较少，但长期大面积使用，仍有少量被吸收进入体内。从理论上讲，可能会对身体的一些代谢等功能产生潜在影响，但目前相关具体的大规模长期研究数据还在不断积累中。不过一旦出现不适，如头晕、乏力等全身症状，应及时停药就医。
使用禁忌人群相关危害
孕妇禁用风险： 孕妇使用千百氢醌软膏可能对胎儿产生不良影响，因为氢醌的代谢等情况可能会通过胎盘影响胎儿的正常发育，增加胎儿出现发育异常等风险。儿童使用危害： 儿童皮肤屏障功能尚未发育完善，使用千百氢醌软膏更容易出现上述的皮肤刺激、过敏等危害，而且儿童对药物的代谢和耐受能力与成人不同，所以儿童一般不建议使用该软膏，否则可能引发更严重的皮肤问题甚至影响身体健康。