睡觉起来口臭可能由多种原因引起，其中大约有50% - 90%的口臭是由于口腔问题导致的。
口腔局部因素导致
口腔清洁不到位： 晚上睡觉时，口腔活动减少，唾液分泌也相对较少，细菌容易滋生。如果睡前没有好好刷牙漱口，食物残渣留在牙齿缝隙、牙龈周围，经过一夜的发酵，就会产生难闻的气味。比如，有研究发现，睡前不刷牙的人，早上起来口臭发生率比睡前认真刷牙的人高出很多。口腔疾病影响： 像龋齿（蛀牙），牙齿上的龋洞内容易残留食物，细菌在里面繁殖，会产生异味；牙龈炎患者，牙龈发炎红肿，也会有细菌滋生，导致口臭。例如，患有严重牙龈炎的人，早上起来口臭往往比较明显。
胃肠道问题引发
消化不良： 如果晚餐吃得过多、过饱，或者吃了不易消化的食物，晚上睡眠中胃肠道消化功能减弱，食物在胃肠道内停留时间过长，就会产生异味，通过口气散发出来。一般来说，晚餐后1 - 2小时内是胃肠道消化的活跃期，若此时进食过多，就容易引发消化不良导致口臭。幽门螺杆菌感染： 幽门螺杆菌是一种在胃部常见的细菌，它会产生尿素酶，分解尿素产生有臭味的气体，从而导致口臭。据统计，约有一半以上的幽门螺杆菌感染者会出现口臭问题，而且这种口臭往往比较顽固，不容易通过简单的口腔清洁消除。
其他因素导致
呼吸系统疾病： 比如鼻窦炎，鼻腔分泌物倒流到口腔，其中的细菌等会引起口臭。还有慢性支气管炎等疾病，呼吸道产生的分泌物也可能导致晨起口臭。饮食因素： 前一天吃了大量葱、蒜、韭菜等具有刺激性气味的食物，这些食物的气味会在体内代谢后通过呼吸排出，导致早上起来口臭。例如，吃了大量大蒜后，即使刷牙了，早上还是可能有明显口臭。