三个月宝宝大便有粘液，可能是正常的，也可能是由一些疾病引起的，治疗方法如下：
1.生理因素：
母乳喂养：宝宝吃了含有较多前奶的母乳，可能会出现大便稀、有粘液的情况。这是正常的，不需要特殊治疗。妈妈可以让宝宝多吃后奶，以增加脂肪的摄入。
配方奶喂养：如果宝宝对配方奶中的蛋白质消化不良，也可能出现大便有粘液的情况。可以尝试更换其他品牌的配方奶，或者在医生的指导下给宝宝添加乳糖酶。
添加辅食：如果宝宝开始添加辅食，可能会因为食物的改变而出现大便有粘液的情况。这是正常的，妈妈可以继续观察宝宝的情况，如果宝宝没有其他不适，可以继续添加辅食。
2.病理因素：
感染：宝宝可能感染了细菌、病毒或其他病原体，导致肠道炎症，从而出现大便有粘液、腹泻、发热等症状。需要及时就医，医生会根据宝宝的情况给予相应的抗生素或抗病毒药物治疗。
过敏：宝宝可能对牛奶蛋白、鸡蛋、大豆等食物过敏，导致肠道过敏反应，出现大便有粘液、腹泻、皮疹等症状。需要及时就医，医生会根据宝宝的情况给予相应的抗过敏药物治疗。
乳糖不耐受：宝宝可能因为乳糖酶缺乏或活性低下，导致乳糖消化不良，从而出现大便有粘液、腹泻等症状。可以在医生的指导下给宝宝添加乳糖酶或改为无乳糖配方奶。
其他：宝宝可能患有肠道疾病，如肠炎、肠套叠、肠梗阻等，也会出现大便有粘液的情况。需要及时就医，医生会根据宝宝的情况进行相应的检查和治疗。
总之，三个月宝宝大便有粘液，需要根据具体情况进行分析和处理。如果宝宝精神状态良好，食欲正常，体重增长良好，可以继续观察。如果宝宝出现精神萎靡、食欲下降、体重增长缓慢等情况，需要及时就医。