总是口腔溃疡可能与缺乏某些营养素有关，比如维生素B族，其中维生素B2（核黄素）缺乏时较易引发口腔溃疡，有研究显示约30% - 50%的复发性口腔溃疡患者存在维生素B2水平偏低的情况。
缺乏维生素B族导致的情况
维生素B1缺乏：除了可能引发口腔溃疡，还可能导致神经系统功能异常，出现食欲减退、消化不良等表现，严重时会影响心脏功能。维生素B6缺乏：除了与口腔溃疡相关，还会影响氨基酸代谢，可能出现皮肤炎症、贫血等问题，孕妇若缺乏维生素B6还可能影响胎儿发育。
缺乏微量元素的影响
锌缺乏：锌参与人体多种酶的合成与激活，对免疫系统和黏膜修复很重要。锌缺乏时，口腔黏膜修复能力下降，容易反复出现口腔溃疡，还可能伴有生长发育迟缓、味觉减退等表现。铁缺乏：铁是血红蛋白的组成成分，缺铁除了可能导致贫血外，也与口腔溃疡有一定关联，会影响身体的免疫功能和组织修复。
其他可能因素
免疫系统异常：自身免疫性疾病可能导致反复口腔溃疡，比如白塞病，患者除了口腔溃疡，还可能出现眼部病变、生殖器溃疡等症状。精神因素：长期精神紧张、焦虑、压力过大等，会影响神经内分泌系统，导致机体免疫功能失调，增加口腔溃疡的发生几率。局部创伤：牙齿咬伤、佩戴不合适的假牙等局部创伤，若长期不愈，也容易引发口腔溃疡，而且会反复出现。