小肚子隐隐作痛可能由多种原因引起，比如女性生理期时，部分女性在月经来潮前1~2天或经期会出现下腹隐痛，这是比较常见的情况。
妇科相关原因
痛经： 原发性痛经多见于青春期女性，与月经时子宫内膜前列腺素含量增高有关，前列腺素升高会引起子宫平滑肌过强收缩、血管痉挛，造成子宫缺血、缺氧状态而出现痛经，表现为下腹隐痛，有时还会伴有腰酸等不适。盆腔炎： 女性盆腔内器官发生炎症时也可能导致小肚子隐隐作痛，如子宫内膜炎、输卵管炎等，通常还可能伴有阴道分泌物增多、异味等情况，病情严重时可能有发热等表现。
肠道相关原因
肠炎： 饮食不洁等原因可能引发肠炎，如细菌性肠炎，肠道受到细菌感染后，肠道黏膜受到刺激，会出现小肚子隐隐作痛，常伴有腹泻等症状，每天腹泻次数可能在数次到十余次不等。肠易激综合征： 这是一种常见的功能性肠道疾病，精神因素、饮食等都可能诱发，患者会出现下腹隐痛，疼痛程度一般较轻，还可能伴有排便习惯改变，比如腹泻与便秘交替出现等情况。
泌尿系统相关原因
膀胱炎： 膀胱发生炎症时，膀胱黏膜受到刺激，可引起小肚子隐隐作痛，还可能伴有尿频、尿急等症状，尿频表现为排尿次数明显增多，可能1~2小时就需要排尿一次。输尿管结石： 当输尿管内有结石时，结石会刺激输尿管黏膜，导致小肚子隐隐作痛，疼痛可能比较剧烈，有时还会向会阴部放射，部分患者可能伴有血尿等表现。