儿童淋巴瘤的病因目前尚未完全明确，但有一些相关因素可能与之有关。目前研究发现，遗传因素可能在儿童淋巴瘤发病中起到一定作用，如果家族中有亲属患有淋巴瘤等恶性肿瘤，儿童患淋巴瘤的风险可能会略有增加。
遗传因素相关
部分遗传突变： 某些特定的遗传突变可能会使儿童更容易发生淋巴瘤。比如一些与免疫系统相关的基因发生突变时，可能影响机体对异常细胞的识别和清除能力，从而增加淋巴瘤发生的几率。不过这种由遗传突变直接导致的情况相对较少见。
病毒感染因素
EB病毒感染： EB病毒感染与儿童淋巴瘤的发生有一定关联。EB病毒是一种常见的疱疹病毒，在儿童时期感染EB病毒后，如果机体免疫功能不能有效清除病毒，可能会引发淋巴细胞的异常增殖，进而增加患淋巴瘤的风险。例如，在一些伯基特淋巴瘤患儿中，往往能检测到EB病毒的感染。人类 T 细胞白血病病毒 -1（HTLV -1）： 虽然相对少见，但HTLV -1感染也可能与儿童淋巴瘤的发生有一定关系，不过在儿童中的发病情况不如在成人中那么典型和常见。
免疫功能异常因素
先天性免疫缺陷： 患有先天性免疫缺陷疾病的儿童，由于自身免疫系统存在缺陷，对病原体的抵御能力和对体内异常细胞的监控能力下降，更容易发生包括淋巴瘤在内的各种疾病。比如严重联合免疫缺陷病的患儿，其发生淋巴瘤的风险就比正常儿童高很多。获得性免疫功能低下： 长期使用免疫抑制剂的儿童，或者因其他疾病导致免疫功能暂时低下时，也可能增加淋巴瘤的发病风险。例如一些接受器官移植后需要长期服用免疫抑制剂的儿童，其机体免疫平衡被打破，淋巴细胞容易出现异常增殖，从而引发淋巴瘤。