褪黑素可能会带来一些副作用。一般来说，部分人服用褪黑素后可能出现头痛、头晕等不适症状，有研究发现约2% - 5%的人服用后会有轻度头痛。
神经系统方面的副作用
头晕表现： 有些人服用褪黑素后会出现头晕症状，这可能影响日常的活动，比如走路、操作机器等。一般在服药初期较易出现，不过多数人症状较轻，持续时间较短。嗜睡情况： 部分人服用后会有嗜睡感，尤其是在白天服药的情况下，可能会影响正常的工作和学习效率，因为会感觉精神不振、昏昏欲睡。
消化系统方面的副作用
恶心反应： 少数人服用褪黑素后会出现恶心的症状，可能会影响食欲，让人感觉胃部不适。一般症状较轻时，可能通过调整服药时间（如饭后服用）来缓解，但如果恶心症状较严重，可能需要考虑是否继续服用该药物。腹痛表现： 个别人服用后会出现腹痛情况，虽然发生概率相对较低，但也会给身体带来不适，腹痛程度因人而异，有的可能只是轻微隐痛，有的可能相对较明显。
其他可能的副作用
影响激素水平： 长期大剂量服用褪黑素可能会影响体内自身的激素分泌平衡，虽然短期小剂量服用相对安全，但对于激素水平本就有问题的人群，如患有内分泌相关疾病的人，需要格外谨慎，因为可能会干扰原本的激素调节机制。过敏反应： 极少数人可能对褪黑素过敏，会出现皮疹、瘙痒等过敏症状，一旦出现过敏情况，应立即停止服用，并采取相应的抗过敏治疗措施。