格林巴利综合征的常见鉴别诊断如下:
1、低钾性周期性瘫痪，也表现为急性发病的四肢迟缓性瘫痪，但是一般无感觉障碍，不会累及脑神经和呼吸肌，会出现血清钾降低，做脑脊液检查正常，进行补钾治疗后肌无力的症状会很快缓解。该病会反复发作，而格林巴利综合征一般是单相病程。
2、急性脊髓炎，急性起病，表现为脊髓病变节段以下肢体瘫痪，感觉障碍，二便障碍，不会累及脑神经。做脊髓MR检查可发现脊髓异常信号。
3、重症肌无力，为慢性病程，波动性病程，可累及全身骨骼肌，包括脑神经支配的骨骼肌，肌无力的情况在活动后加重，休息后可好转，有晨轻暮重的特点，做新斯的明试验可呈阳性结果。