连花清瘟的副作用相对较少，但也有一些需要注意的情况。一般来说，按照说明书推荐剂量服用时，大部分人耐受性较好。不过，约有少数人可能出现胃肠道不适，比如恶心、呕吐、腹泻等症状，发生率相对较低，大概在1% - 3%左右。
胃肠道方面的可能反应
恶心：部分人在服用连花清瘟后，可能会感觉胃部有不适，出现恶心的情况，尤其是空腹服药时相对更易发生。呕吐：个别人可能会出现呕吐症状，一般程度较轻，停药后多可缓解。
神经系统的相关表现
头晕：有少数人服用连花清瘟后可能会感到头晕，不过通常程度比较轻微，不影响正常活动，一般继续观察或停药后可恢复。嗜睡：极个别人可能会出现嗜睡的情况，但发生概率非常低。
过敏相关情况
皮肤瘙痒：少数过敏体质的人服用连花清瘟后可能会出现皮肤瘙痒的症状，还可能伴有皮疹等表现。皮疹：表现为皮肤出现红色的小疹块，可能伴有瘙痒感，此时应立即停药，并采取相应的抗过敏措施。
特殊人群需留意
老年人：老年人肝肾功能相对较弱，服用连花清瘟时更要密切关注自身反应，若出现不适要及时就医。肝肾功能不全者：这类人群药物代谢和排泄可能受到影响，服用连花清瘟后出现副作用的风险可能相对较高，需在医生指导下谨慎使用。