粒细胞缺乏症通常是由多种原因引起的，比如药物因素，像抗肿瘤的化疗药物，还有氯霉素、磺胺类等药物都可能引发。据统计，药物引起的粒细胞缺乏症约占所有病例的一半左右。
药物因素导致
化疗药物： 很多抗肿瘤的化疗药物，例如阿糖胞苷、柔红霉素等，在杀伤肿瘤细胞的同时，也可能会抑制骨髓造血干细胞的功能，影响粒细胞的生成，从而导致粒细胞缺乏。其他药物： 像氯霉素，它能抑制骨髓造血细胞线粒体蛋白合成，使粒细胞生成减少；磺胺类药物可能会引起免疫性粒细胞减少，进而导致粒细胞缺乏症。
感染因素引发
病毒感染： 一些病毒感染可能会影响粒细胞的生成或破坏粒细胞。比如EB病毒感染，在感染过程中，可能会导致机体的免疫调节紊乱，影响骨髓中粒细胞的生成，使得粒细胞数量减少。细菌感染： 严重的细菌感染，像败血症，细菌产生的毒素等物质可能会抑制骨髓粒细胞的生成，并且还可能加速粒细胞的破坏，从而引发粒细胞缺乏症。例如金黄色葡萄球菌引起的严重败血症，就容易导致粒细胞缺乏。
自身免疫性疾病导致
系统性红斑狼疮： 这是一种自身免疫性疾病，患者体内会产生自身抗体，这些自身抗体可能会攻击自身的粒细胞，导致粒细胞破坏过多；同时，自身免疫反应也可能影响骨髓粒细胞的正常生成，最终引起粒细胞缺乏症。类风湿关节炎： 部分类风湿关节炎患者也可能出现粒细胞缺乏的情况，其发病机制与自身免疫介导的粒细胞损伤和生成障碍有关。自身抗体的产生会破坏粒细胞，并且影响骨髓中造血干细胞向粒细胞分化的过程。