卵泡萎缩可能由多种原因引起，一般来说，内分泌失调是常见因素之一，比如体内的促黄体生成素、促卵泡生成素等激素水平异常，可能影响卵泡的正常发育和排卵，有研究发现约30%的卵泡萎缩与内分泌激素失衡相关。
内分泌因素：
激素水平异常： 促黄体生成素（LH）峰值不足是导致卵泡萎缩的常见内分泌原因。正常情况下，LH在卵泡成熟时会出现高峰，促使卵泡破裂排卵，如果LH峰值不够，卵泡就可能无法正常排出而萎缩。例如，一些多囊卵巢综合征患者，常存在LH水平相对升高，FSH（促卵泡生成素）相对不足的情况，容易出现卵泡萎缩。甲状腺功能异常： 甲状腺激素对生殖内分泌有重要调节作用。甲状腺功能减退时，甲状腺激素分泌减少，会影响下丘脑 - 垂体 - 卵巢轴的功能，导致卵泡发育异常、萎缩。据统计，约15% - 20%的甲状腺功能减退患者会出现卵泡萎缩相关的生殖问题。
卵巢因素：
卵巢本身病变： 如卵巢早衰，卵巢内的卵泡储备减少，卵泡功能衰退，容易出现卵泡萎缩。一般来说，女性在40岁以前出现卵巢功能减退，就可能有卵泡发育不良、萎缩的情况。另外，卵巢巧克力囊肿等病变，会影响卵巢的正常结构和功能，干扰卵泡的发育和排卵，导致卵泡萎缩。卵泡本身质量问题： 即使激素水平正常，卵泡自身质量不佳也可能萎缩。比如卵泡发育过程中出现染色体异常等情况，这样的卵泡无法正常排卵，就会萎缩。
精神心理因素：
长期压力过大： 长期处于高压力状态下，会影响神经内分泌系统，进而影响卵泡的发育。例如，长期精神紧张、焦虑的女性，下丘脑分泌的促性腺激素释放激素会受到影响，导致垂体分泌的促性腺激素异常，影响卵泡的正常发育和排卵，可能引发卵泡萎缩。有研究表明，长期精神压力大的女性中，卵泡萎缩的发生率比心理状态良好的女性高出约20%。情绪波动剧烈： 突然的情绪大起大落，如遭受重大精神打击等，也可能干扰内分泌平衡，影响卵泡的正常状态，导致卵泡萎缩。