口腔溃疡的治疗药物需根据具体病因选择，常见的有局部用药和全身用药等。
一、局部消炎类药物
局部使用具有消炎作用的药物可缓解口腔溃疡症状，如复方氯己定含漱液，它能抑制口腔内细菌生长，减轻炎症反应，帮助口腔溃疡创面恢复。
二、促进愈合类药物
一些能促进口腔溃疡愈合的药物也可选用，比如重组人表皮生长因子凝胶，它可以促进口腔黏膜上皮细胞的增殖、迁移，加速溃疡面的愈合。
三、止痛类药物
对于疼痛明显的口腔溃疡患者，可使用止痛类药物，如苯佐卡因凝胶，能起到暂时止痛的作用，让患者在进食等日常活动中减轻痛苦。
四、全身调节类药物
如果是由全身因素引起的口腔溃疡，可能需要使用全身调节类药物。例如，当机体缺乏维生素B₂时易引发口腔溃疡，可适当补充维生素B₂片来进行调节。但在使用全身药物时，需考虑年龄因素，儿童使用需谨慎，应在医生指导下进行。同时，有基础病史的患者使用药物更要格外小心，需遵循医生的专业建议。