右卵巢囊肿的原因较为复杂，可能与以下因素有关。
1.内分泌因素：卵巢虽小，却是产生卵子并排卵、内分泌激素、平衡内分泌的重要器官，卵巢囊肿多发生于内分泌旺盛的生育年龄。所以认为与内分泌失调有关，为生理性的卵巢囊肿。
2.遗传因素：据统计，20%～25%的卵巢肿瘤患者有家族史。
3.生活方式因素：长期的饮食结构、生活习惯不好、心理压力过大，可以出现生理性卵巢囊肿和卵巢真性肿物。
4.环境因素：食物的污染，如蔬菜等使用的植物生长激素，如家畜家禽等配方饲养中瘦肉精类的激素成分。近年来我国随着生活水平的提高及饮食习惯的西化，及一部分中青年女性滥用诸如丰乳、减肥、及减缓衰老等的激素类药物及滋补品，使卵巢肿瘤呈高发性、年轻化发展趋势。
5.炎症因素：卵巢囊肿可以是卵巢炎症性的，也可以是卵巢非炎性的，因为感染了微生物，又或者是体内激素的改变，引起卵巢充血、出血、渗出，即形成了炎性包块。