低聚果糖一般建议饭前吃，最好在饭前30分钟左右服用。这样能让低聚果糖更快地到达肠道，更好地发挥调节肠道菌群等作用。
饭前服用的优势
促进肠道吸收： 饭前空腹状态下，胃肠道内消化液分泌相对活跃，低聚果糖进入肠道后能更顺畅地被有益菌分解利用，有助于增殖双歧杆菌等有益菌，一般服用后数小时内就能开始调节肠道环境。比如有研究表明，饭前服用低聚果糖，经过2 - 3小时后，肠道内有益菌数量会有明显上升趋势。稳定血糖反应： 饭前吃低聚果糖，它在肠道被发酵分解产生短链脂肪酸等物质，能延缓碳水化合物的消化吸收速度，对血糖的影响相对较小。对于糖尿病患者或者需要控制血糖的人群来说，饭前服用更有利于血糖的平稳控制。
饭后服用的情况及注意
胃肠敏感者： 如果本身胃肠道比较敏感，饭前吃低聚果糖可能会引起轻微的腹胀、腹痛等不适，这时候可以改为饭后1 - 2小时服用。一般饭后1小时，胃肠道的消化活动处于相对缓和阶段，此时服用低聚果糖，能减少对胃肠的刺激。通常饭后2小时内服用，低聚果糖对胃肠的刺激就会明显降低。与药物同服时： 若正在服用其他药物，为避免低聚果糖与药物相互作用，最好咨询医生后再决定是饭前还是饭后吃。比如正在服用抗生素类药物，可能需要间隔1 - 2小时再吃低聚果糖，防止低聚果糖影响抗生素的药效，一般间隔1 - 2小时就能最大程度减少两者之间的相互干扰。
不同人群的服用建议
儿童： 3岁以上儿童饭前服用低聚果糖相对合适，但要注意剂量，一般按照每公斤体重0.5 - 1克的低聚果糖摄入量来掌握，最好在医生或营养师指导下确定具体服用时间和剂量，保证安全又能发挥作用。老年人： 老年人如果肠胃功能正常，饭前30分钟左右吃低聚果糖比较好；要是肠胃功能稍弱，像有慢性胃炎等情况，那就改为饭后1 - 2小时服用，这样能让低聚果糖更好地被耐受，同时发挥调节肠道的功效，一般老年人服用后1 - 3天就能感觉到肠道蠕动等方面的变化。