衣原体和支原体感染的原因主要与传播途径以及自身免疫力等因素相关。一般来说，性传播是衣原体和支原体感染的重要途径之一，在性活跃的人群中，感染风险相对较高。
性传播方面
性行为不注意防护： 如果没有采取安全有效的避孕措施，尤其是多个性伴侣的情况下，感染衣原体或支原体的几率会明显增加。研究发现，在不使用安全套进行性行为的人群中，衣原体感染的发生率可能较高。与感染者发生性行为： 直接与已经感染衣原体或支原体的人发生性行为，病原体就有可能通过性接触传播给健康一方。
密切接触传播
间接接触污染物品： 比如使用了感染者用过的毛巾、浴盆等物品，有可能会间接感染。不过这种情况相对性传播来说几率较低，但也不能忽视。例如，在公共浴室、宾馆等场所，如果接触到被污染的物品，就存在被感染的可能。母婴传播： 孕妇如果感染了衣原体或支原体，在分娩过程中，胎儿通过产道时可能会受到感染，从而引起新生儿结膜炎或肺炎等疾病。
自身免疫力因素
免疫力低下时易感染： 当人体的免疫力处于较低水平时，比如长期患有慢性疾病、过度劳累、营养不良等情况，身体对衣原体和支原体的抵御能力下降，就更容易受到感染。例如，患有糖尿病的患者，由于自身免疫功能和代谢等方面的异常，相比健康人更易感染衣原体或支原体，而且感染后病情可能更难控制。