卵巢囊肿良性恶性可从多个方面区分。一般来说，超过1/2的卵巢囊肿可能在2-3个月内自行消失，多为良性；而恶性卵巢囊肿往往生长迅速。
从症状表现区分
良性囊肿表现：多数良性卵巢囊肿患者可能没有明显症状，部分人会感觉下腹有轻微坠胀感，经期可能稍有不适，但不影响正常生活，囊肿较小时通常不会引起特别明显的身体异常。恶性囊肿表现：恶性卵巢囊肿患者往往会在短期内出现明显的腹胀、腹痛，还可能伴有消瘦、贫血等症状，病情进展快，身体状况下降明显。
从影像学检查区分
超声检查特点：良性卵巢囊肿在超声下通常边界清晰，多为单房性，囊内回声均匀；恶性卵巢囊肿超声下边界往往不清楚，可能有分隔、乳头样突起等，囊内回声不均匀。一般超声检查发现卵巢囊肿后，医生会根据这些特征初步判断良恶性。CT或MRI检查情况：CT或MRI检查对于区分良恶性也有帮助。良性囊肿在这些检查下形态规则，与周围组织分界清楚；恶性囊肿则可能侵犯周围组织，形态不规则，与周围组织粘连等情况较多见。
从血液检查区分
肿瘤标志物检测：CA125是常用的卵巢肿瘤标志物之一，良性囊肿患者血清CA125水平通常正常或轻度升高；而恶性卵巢囊肿患者血清CA125往往明显升高，且会随着病情变化有较大波动。另外，甲胎蛋白（AFP）对卵巢内胚窦瘤有特异性价值，内胚窦瘤患者AFP会升高，而良性囊肿一般AFP正常。