小儿地图舌的病因目前尚不十分明确，可能与多种因素有关。一般认为可能与遗传、免疫、精神心理、营养缺乏等因素相关。比如有研究发现，部分小儿地图舌可能存在一定的遗传倾向，但具体机制还在进一步研究中。
遗传因素相关
遗传易感性： 有部分小儿地图舌可能与遗传因素有关。如果家族中有亲属曾患地图舌，那么小儿患地图舌的概率可能会相对高一些。不过遗传因素并不是唯一的致病因素，只是存在一定的关联。
免疫因素影响
免疫功能异常： 小儿的免疫系统尚在发育阶段，当免疫功能出现异常时，可能会影响口腔黏膜的正常状态，从而引发地图舌。例如，一些自身免疫性相关的因素可能会导致口腔黏膜的上皮细胞出现异常变化，进而表现为地图舌的形态。
精神心理因素作用
精神压力影响： 小儿如果长期处于精神紧张、焦虑的状态下，也可能诱发地图舌。比如有的小儿在面临考试、更换环境等情况时，精神压力增大，就可能出现地图舌。这是因为精神心理因素会影响神经内分泌等功能，进而对口腔黏膜的健康产生影响。
营养缺乏方面
维生素缺乏： 当小儿体内缺乏某些维生素时，比如维生素B族等，可能会导致口腔黏膜的代谢出现紊乱，从而引发地图舌。例如，缺乏维生素B2时，可能会影响黏膜的正常修复和更新，增加地图舌发生的风险。微量元素缺乏： 像锌等微量元素的缺乏也可能与小儿地图舌有关。锌在人体的生长发育、免疫功能等方面都起着重要作用，缺乏锌时可能会影响口腔黏膜的健康，导致地图舌的出现。一般来说，小儿如果挑食、饮食不均衡，就容易出现微量元素缺乏的情况。