牙齿根部牙龈发黑可能是以下原因导致的：
1.外源性色素沉着：长期吸烟、喝咖啡、饮茶等习惯，或使用某些药物（如铁剂、铋剂），可能导致牙齿根部牙龈出现外源性色素沉着，表现为黑色或棕色斑块。
2.牙结石：牙结石是由牙菌斑和食物残渣等在牙齿表面沉积形成的，长期存在会刺激牙龈，导致牙龈发炎、出血，甚至萎缩。牙结石通常呈黄色或棕色，也可能导致牙齿根部牙龈发黑。
3.龋齿：如果龋齿没有及时治疗，病变可能会累及牙髓，导致牙髓坏死。牙髓坏死后，牙齿会逐渐变色，牙龈也可能出现黑斑。
4.牙龈退缩：随着年龄的增长，牙龈可能会逐渐退缩，牙根暴露。牙根表面没有牙釉质的保护，容易受到外界因素的影响，导致牙龈发黑。
5.其他：一些全身性疾病（如铅中毒、维生素C缺乏等）也可能导致牙齿根部牙龈发黑。
如果发现牙齿根部牙龈发黑，建议及时就医，进行口腔检查和相关的实验室检查，以确定具体原因。治疗方法因病因而异，可能包括以下几种：
1.洁牙：如果是外源性色素沉着或牙结石引起的牙龈发黑，医生可能会建议进行洁牙，即通过洗牙去除牙齿表面的污垢和牙结石。
2.龋齿治疗：如果是龋齿导致的牙龈发黑，需要进行龋齿治疗，如补牙或根管治疗等。
3.牙龈治疗：如果是牙龈发炎或萎缩引起的，医生可能会进行牙龈治疗，如龈下刮治、根面平整等，以恢复牙龈的健康。
4.病因治疗：如果牙龈发黑是由全身性疾病引起的，需要针对病因进行治疗，如补充维生素C、排铅等。
此外，为了保持口腔健康，建议定期进行口腔检查和清洁，养成良好的口腔卫生习惯，如早晚刷牙、使用牙线、定期洗牙等。同时，应避免吸烟、饮酒等不良习惯，减少对口腔的刺激。如果对牙齿根部牙龈发黑的问题有任何疑问，应及时咨询口腔医生。