心肌梗塞和脑梗塞的不同之处主要在病变部位上，心肌梗塞多发生在冠状动脉粥样硬化狭窄的基础上，由于某些诱因致使冠状动脉粥样斑块破裂，血中的血小板在破裂的斑块表面聚集形成血块，突然阻塞冠状动脉管腔，导致心肌缺血坏死，另外心肌耗氧量剧烈增加或冠状动脉痉挛也可诱发急性心肌梗塞。
脑梗塞主要是由于供应脑部血液的动脉出现粥样硬化和血栓形成，使管腔狭窄甚至闭塞，导致局灶性急性脑供血不足而发病，也有因异常物体如固体，液体，气体沿血液循环进入脑动脉或供应脑血液循环的颈部动脉，造成血流阻断或血流量骤减而产生相应支配区域，脑组织软化坏死。