克罗恩病的严重程度因人而异。一般来说，约10% - 20%的患者在确诊后会很快出现严重并发症，如肠梗阻、肠穿孔等。
病情进展方面
病情轻的情况：部分患者病情相对较轻，可能仅有轻度的腹痛、腹泻，对日常生活影响不大，通过规范治疗后症状能得到较好控制，病情长期处于稳定状态。例如有些患者仅表现为间断性的轻度腹泻，每周腹泻次数3 - 5次，经药物治疗后可缓解。病情重的情况：而病情严重的患者会频繁出现剧烈腹痛，腹泻次数可达每日10次以上，还可能出现发热、贫血、营养不良等情况，而且容易反复发生肠梗阻、肠瘘等并发症，严重影响患者的生活质量和身体健康，甚至可能危及生命。比如有些患者出现肠穿孔，需要紧急手术治疗，术后恢复也较为漫长。
治疗难度方面
药物治疗初期：初期一般可以使用氨基水杨酸制剂来控制病情，像柳氮磺吡啶等药物，部分患者使用后症状能得到改善。但如果病情逐渐加重，对药物反应不佳时，就需要用到糖皮质激素，如泼尼松等，不过长期使用糖皮质激素会有较多副作用。复杂情况治疗：对于出现严重并发症或者药物治疗无效的患者，可能需要进行手术治疗，但术后复发的风险较高，约有50% - 70%的患者在术后1 - 5年内会复发。
对生活影响方面
日常活动受限：轻度克罗恩病患者可能还能正常工作和进行一些日常活动，但病情较重的患者会明显受到限制，因为频繁的腹泻、腹痛会让患者无法长时间外出，甚至无法正常上班，生活质量大打折扣。比如严重患者可能需要频繁请假休息，无法像正常人一样参与社交活动和体力劳动。心理方面影响：长期患病也会给患者带来心理压力，产生焦虑、抑郁等情绪，进一步影响患者的整体健康状况，形成恶性循环。