椎基底动脉供血不足的治疗主要因为改善循环的药物，在临床上常用的有银杏叶提取物如金纳多或者银杏叶片等，可以用其他改善循环的药物，如丹参川芎嗪注射液或者灯盏花提取物、血栓通注射液等。
对明显的椎基底动脉供血不足，也可以使用前列腺素E如前列地尔等进行扩血管治疗。椎基底动脉供血不足临床常表现为头晕、头部不适，严重时可以出现恶心、呕吐的表现，需要进行适当的对症治疗。
对于呕吐频繁者可以适当应用止吐药物胃复安，并注意及时纠正离子紊乱，可适当应用保护胃黏膜的药物。针对椎基底动脉供血不足的原因还要进行及时的治疗，如控制好血压、血脂、血糖、戒烟等危险因素。