目前并没有针对扁桃体炎的抗病毒药物。
扁桃体炎可分为急性扁桃体炎和慢性扁桃体炎。急性扁桃体炎主要由乙型溶血性链球菌感染引起，此外，葡萄球菌、肺炎链球菌、流感嗜血杆菌等也可引起本病。当机体抵抗力降低时，这些病原体迅速繁殖，导致扁桃体炎的发生。而慢性扁桃体炎多由急性扁桃体炎反复发作或因扁桃体隐窝引流不畅，窝内细菌、病毒滋生感染而演变为慢性炎症。
对于急性扁桃体炎，主要是采用抗生素进行治疗，首选青霉素，根据病情轻重决定给药途径。若治疗2到3天后病情无好转，需分析其原因，或改用其他种类的抗生素，如有条件可在确定致病菌后，根据药敏试验选用抗生素。对于慢性扁桃体炎，目前并无有效的抗病毒药物，主要是采用手术进行治疗。