磁共振成像主要包括三个系统，即磁体系统、谱仪系统和电子计算机图像重建系统。检查时，患者被置于磁场中，其磁矩取向按磁力线方向排列接受一系列的射频脉冲后，低能级的原子核吸收射频能量并跃迁至高能级，打乱组织内的质子运动，脉冲停止后，质子的能级和相位恢复到激发前状态，该过程称为弛豫。
所用的时间为弛豫时间，分为纵向弛豫时间和横向弛豫时间而成像，与CT相比，磁共振能显示人体任意断面的解剖结构，对软组织的分辨率高，无骨性伪影，可清晰显示脊髓、脑干和后颅窝等处的病变，而且磁共振没有电离辐射，对人体无放射性损害，但磁共振检查时间较长，并且体内有金属植入物的患者不能接受磁共振检查。