核磁共振一般来说副作用较少，但也有一些需要注意的情况。目前并没有确切的数据表明其会对人体造成严重的永久性伤害，但在检查过程中可能会出现一些相对常见的情况。
磁场相关影响
金属物品的干扰： 核磁共振是利用强大的磁场来成像的，如果体内有金属植入物，比如心脏起搏器、金属关节等，可能会因为磁场的作用而移位或受损。所以在做核磁共振前，一定要如实告知医生体内是否有金属植入物。比如装有心脏起搏器的患者绝对不能进行核磁共振检查。幽闭恐惧： 部分人在进入核磁共振检查仪这个相对封闭的空间时，会出现幽闭恐惧症状，表现为焦虑、心慌、呼吸困难等。对于这类人群，可以在检查前适当使用一些抗焦虑的药物来缓解症状，或者选择其他合适的检查方式。
造影剂相关情况
过敏反应： 如果在核磁共振检查中使用了造影剂，少数人可能会出现过敏反应。轻度的过敏反应可能表现为皮疹、瘙痒等，重度的可能会出现呼吸困难、过敏性休克等。在使用造影剂前，医生会详细询问患者的过敏史，并且会先进行少量造影剂的注射试验来评估是否过敏。比如有碘过敏史的患者使用含碘造影剂时就需要格外谨慎。肾功能影响： 造影剂需要通过肾脏排泄，对于肾功能不全的患者，使用造影剂可能会加重肾脏负担，导致肾功能进一步恶化。所以对于肾功能不全的患者，医生会权衡利弊后再决定是否使用造影剂以及选择合适的造影剂种类和剂量。
检查时间因素
检查时间较长： 核磁共振检查的时间相对较长，一般普通的部位检查可能需要10 - 30分钟不等，一些复杂部位的检查可能需要更长时间。长时间处于检查环境中，对于一些不能配合保持体位的患者，比如儿童或者神志不清的患者，可能需要使用镇静剂来帮助完成检查，但使用镇静剂也存在一定风险，比如可能会引起呼吸抑制等。