在月经结束后的两天内进行性行为并射精在里面，怀孕的可能性较小，但不能完全排除怀孕的可能。以下是一些可能的情况：
1.安全期避孕：女性的排卵日期一般在下次月经来潮前的14天左右。排卵日的前5天和后4天，连同排卵日在内共10天称为排卵期。在排卵期内进行性行为，怀孕的几率较高。月经结束后的两天通常处于安全期，怀孕的几率较低。但需要注意的是，安全期避孕并不十分可靠，因为女性的排卵日期可能会受到情绪、环境等因素的影响而发生变化。
2.精子存活时间：精子在女性体内的存活时间为2-3天。如果在月经结束后的两天内进行性行为，精子可能会在女性体内存活到排卵期，从而导致怀孕。
3.月经周期不规律：有些女性的月经周期不规律，排卵时间也会发生变化。如果女性的月经周期较短，或者月经结束后很快就进入了排卵期，那么在月经结束后的两天内进行性行为并射精在里面，也有可能会怀孕。
需要注意的是，以上情况只是一些可能的情况，具体情况因人而异。如果女性担心怀孕，可以在性行为后的72小时内服用紧急避孕药，但紧急避孕药不能作为常规的避孕方法，只能在紧急情况下使用。此外，如果女性的月经周期不规律，或者有其他影响生育的因素，建议及时就医，进行相关的检查和治疗。