射精后小便疼痛可能与以下原因有关：
1.尿道炎：尿道炎是泌尿系统最常见的疾病。多数尿道炎是由尿道上行感染引起，少数可由血行或淋巴道感染引起。患者除了射精后小便疼痛外，还可能出现尿频、尿急、尿痛等症状。治疗尿道炎的常用药物有头孢呋辛酯片、盐酸左氧氟沙星胶囊等。
2.前列腺炎：前列腺炎是成年男性的常见病之一。前列腺炎可分为急性前列腺炎和慢性前列腺炎，急性前列腺炎多由细菌感染引起，慢性前列腺炎的病因较为复杂，可能与细菌感染、免疫因素、前列腺充血等有关。患者除了射精后小便疼痛外，还可能出现尿频、尿急、尿痛、尿不尽、会阴部疼痛等症状。治疗前列腺炎的常用药物有前列康舒胶囊、前列安栓等。
3.精囊炎：精囊炎是男性常见感染性疾病之一，多由逆行感染所致。精囊炎多与前列腺炎同时发生，多由于细菌经尿道逆行感染精囊炎所致。患者除了射精后小便疼痛外，还可能出现血精、射精疼痛、下腹疼痛、尿频、尿急、尿痛等症状。治疗精囊炎的常用药物有头孢克肟分散片、阿莫西林胶囊等。
如果出现射精后小便疼痛的症状，建议及时就医，明确病因，并在医生的指导下进行治疗。在治疗期间，应注意个人卫生，保持尿道口清洁，避免食用辛辣、刺激性食物，避免饮酒，多喝水，勤排尿，有助于病情的恢复。