三个月宝宝鹅口疮的治疗方法如下：
1.一般治疗：注意宝宝的口腔卫生，在哺乳前后用温水清洗口腔。如果是人工喂养，要注意奶嘴、奶瓶的清洁消毒。
2.药物治疗：可以使用弱碱性溶液（如2%~5%碳酸氢钠溶液）清洗口腔，也可以使用制霉菌素混悬液涂抹口腔。这些药物可以抑制念珠菌的生长。
3.病因治疗：如果宝宝有营养不良、腹泻等情况，需要积极治疗原发病，以提高宝宝的抵抗力。
4.注意饮食：宝宝的饮食要清淡易消化，避免食用辛辣、刺激性食物。同时，要注意宝宝的饮食卫生，避免交叉感染。
需要注意的是，以上治疗方法仅供参考，如果宝宝的鹅口疮症状严重或持续时间较长，建议及时就医，在医生的指导下进行治疗。同时，家长在给宝宝治疗鹅口疮时，要注意避免使用龙胆紫、紫药水等药物，这些药物可能会导致宝宝口腔黏膜着色。