卵巢萎缩的原因较多，包括年龄相关因素、遗传因素、自身免疫性疾病、医源性因素等。
年龄相关因素
随着年龄增长，卵巢功能逐渐衰退，卵泡数量减少，卵巢组织发生生理性萎缩，这是自然的生理过程，女性一般在45 - 55岁左右会出现这种情况，这是机体衰老在生殖系统的体现。
遗传因素
某些遗传突变可导致卵巢萎缩，比如染色体异常等遗传缺陷，会影响卵巢的正常发育和功能维持，使卵巢过早出现萎缩现象，这种情况往往在较年轻时就可能表现出来。
自身免疫性疾病
自身免疫性疾病会攻击卵巢组织，如自身免疫性甲状腺炎等自身免疫性疾病，机体的免疫系统错误地将卵巢组织当作外来异物进行攻击，破坏卵巢的结构和功能，导致卵巢萎缩。
医源性因素
如盆腔手术损伤卵巢血管，影响卵巢血供；化疗药物可能损害卵巢的生殖细胞和间质细胞，导致卵巢萎缩，一些恶性肿瘤患者在接受化疗后可能出现卵巢功能减退、卵巢萎缩的情况。