受精卵不着床的原因有多种。一般来说，女性生殖系统的一些问题可能导致受精卵不着床，比如子宫内膜因素，像子宫内膜薄，正常情况下子宫内膜厚度需达到8~12毫米左右才比较利于受精卵着床，如果低于这个范围，就可能影响着床；还有子宫内膜息肉，它会占据宫腔内的空间，干扰受精卵着床。
免疫因素影响
自身免疫问题： 女性自身免疫系统出现异常时，可能会攻击受精卵，比如存在抗子宫内膜抗体等，这些抗体的存在会破坏子宫内膜的正常环境，使得受精卵难以着床。同种免疫异常： 母体对胚胎产生免疫排斥反应，也会阻碍受精卵着床，这种情况相对比较复杂，涉及到母体和胚胎之间的免疫平衡失调。
内分泌失调原因
激素水平异常： 像雌激素、孕激素等激素水平失衡会影响受精卵着床。例如，雌激素水平过低会使子宫内膜增殖不够，不利于受精卵着床；孕激素分泌不足会导致子宫内膜分泌反应不良，影响着床环境。一般来说，正常的激素水平需要维持在相对稳定的范围，若有波动超出正常范围就可能出问题。甲状腺功能异常： 甲状腺功能亢进或减退都会对受精卵着床产生影响。甲状腺激素对生殖系统的正常功能有重要调节作用，甲状腺功能异常时，会干扰生殖内分泌的平衡，进而影响受精卵的着床过程。
染色体异常因素
胚胎染色体异常： 大约50%~60%的早期流产是因为胚胎染色体异常导致的，受精卵本身染色体出现数目或结构的异常，就无法正常着床发育。这种情况是自然淘汰的一种方式，因为异常的胚胎很难正常在子宫内着床生长。父母染色体异常： 若父母双方的染色体存在异常，也可能遗传给胚胎，从而影响受精卵的着床和发育。比如平衡易位等染色体结构异常的情况，会增加胚胎染色体异常的概率，进而影响受精卵着床。