双歧杆菌三联活菌散主要用于调节肠道菌群。它能补充肠道有益菌，抑制有害菌生长，改善肠道功能。
一、改善肠道消化功能
肠道内有益菌数量平衡时，消化吸收能正常进行。双歧杆菌三联活菌散中的有益菌可参与食物的消化过程，帮助分解糖类、蛋白质等营养物质，促进营养吸收，缓解消化不良等问题，尤其对因肠道菌群失调引起的腹胀、食欲不振等有改善作用，不同年龄人群若出现肠道消化功能紊乱，都可能从该药物调节菌群中获益。
二、维持肠道微生态平衡
人体肠道有复杂的微生态系统，双歧杆菌三联活菌散中的双歧杆菌等有益菌可在肠道内定植，占据生态位点，抵御外来有害菌的入侵，维持肠道微生态的稳定状态。对于长期使用抗生素导致肠道菌群失调的人群，它能帮助重建良好的肠道微生态环境。
三、增强肠道免疫力
肠道是人体重要的免疫器官，肠道内的有益菌可通过多种机制增强肠道免疫力。双歧杆菌三联活菌散中的有益菌能刺激肠道免疫系统，促进肠道相关淋巴组织产生免疫球蛋白等免疫物质，提高机体对肠道病原体的抵御能力，不同年龄段人群，包括儿童、成人及老人，肠道免疫力改善后，整体健康状况会有所提升。
四、辅助治疗肠道相关疾病
在一些肠道疾病的治疗中可作为辅助手段。例如对于肠道功能紊乱引起的腹泻或便秘，它能调节肠道的蠕动和分泌功能，缓解腹泻或便秘症状。对于炎症性肠病等疾病，通过调节肠道菌群，也有助于改善肠道炎症状态，为疾病的康复创造有利的肠道环境，但需在医生指导下与其他治疗手段配合使用。