夜间高血压会对人体多个重要器官造成损害。研究表明，夜间高血压患者发生心脑血管事件的风险比普通高血压患者高出不少。
对心脏的危害
加重心脏负担：夜间血压升高时，心脏需要更努力地泵血来维持血液循环，长期如此会使心脏肥厚，增加患冠心病的风险。比如有研究发现，夜间高血压患者发生心肌梗死的概率比血压正常波动的人高约30%。引发心律失常：血压的异常波动会干扰心脏的正常节律，容易导致心律失常，像室性早搏等情况在夜间高血压患者中较为常见。
对脑血管的危害
增加脑卒中风险：夜间高血压会使脑血管的压力持续处于较高状态，容易导致脑血管破裂或堵塞。有数据显示，夜间高血压患者发生缺血性脑卒中的风险比非夜间高血压患者高约40%，出血性脑卒中的风险也会显著上升。损伤脑血管内皮：长期的夜间高血压会损伤脑血管的内皮细胞，使得血管壁变得不光滑，更容易形成血栓，进一步阻碍脑部的血液供应。
对肾脏的危害
影响肾功能：肾脏的血液供应会因夜间高血压而受到影响，长期下来会损害肾脏的滤过功能，导致肾功能逐渐减退。例如，夜间高血压患者在5 - 10年内出现肾功能不全的概率比血压控制良好的人要高2 - 3倍。加重蛋白尿：肾脏受损后，可能会出现蛋白尿增多的情况，这会进一步加重肾脏的损伤，形成恶性循环。
对眼底的危害
损害眼底血管：夜间高血压会波及眼底的血管，导致眼底血管发生病变，影响视力。长期的夜间高血压可能会引发视网膜病变，严重时甚至会导致失明。有研究发现，夜间高血压患者出现眼底病变的发生率比正常血压者高约50%。