药物点痣存在诸多危害。首先，药物点痣可能无法彻底清除痣细胞，有复发的风险，而且复发后的痣可能比原来的更大更复杂。
皮肤损伤方面
感染风险： 自行用药物点痣时，操作环境难以保证无菌，很容易引起皮肤感染。一旦感染，可能会出现红肿、疼痛加剧，严重的还可能有脓性分泌物渗出。比如使用一些不正规的点痣药水后，短时间内皮肤就可能发红肿胀，甚至引发炎症。留疤风险： 如果药物使用不当，比如药量过多、点痣深度掌握不好，很容易造成皮肤真皮层受损，进而留下疤痕。有的患者点痣后会形成明显的凹陷性疤痕或者增生性疤痕，影响美观。
对痣的不良影响
刺激痣细胞： 药物点痣可能会刺激痣细胞，导致其异常增生。有些原本比较稳定的痣，经过药物点痣刺激后，反而加速了其生长变化，增加了恶变的潜在风险。例如，一些交界痣，药物点痣后可能会向恶性程度更高的方向发展。难以准确判断痣的性质： 药物点痣后，会破坏痣的原始形态，使得医生难以通过肉眼准确判断痣的良恶性。如果痣本身是恶性的，就会延误治疗时机。比如一颗潜在恶性的痣，药物点痣后外观改变，容易被忽视其本来的不良性质。
个体差异导致的危害
不同肤质反应不同： 对于油性皮肤的人来说，药物点痣后皮肤油脂分泌可能会受到影响，更容易出现皮肤问题；而干性皮肤的人点痣后可能会出现皮肤过度干燥、脱屑等情况。比如油性皮肤者点痣后几天可能就会发现点痣部位周围又有油脂分泌过多的现象，而干性皮肤者点痣后皮肤会变得紧绷、干燥。过敏体质风险： 过敏体质的人使用药物点痣时，发生过敏反应的几率大大增加。可能会出现皮肤瘙痒、起红斑、水肿等过敏症状，严重的过敏反应还可能影响身体健康。比如有的过敏体质者用了点痣药后，全身都出现了红斑，瘙痒难忍，需要及时就医处理。